南京解放后的近50年中,總統府一直作為機關的辦公場所。自20世紀80年代以來,機關單位陸續搬遷,并于1998年在總統府舊址之上,開始籌建南京中國近代史遺址博物館。經過精心的規劃和五年的建設,至2003年已初具規模。目前,博物館總占地面積為9萬平方米,共分三個參觀區域。中區(中軸線)主要是國民政府、總統府及所屬機構;西區是孫中山的臨時大總統辦公室、秘書處和西花園,以及參謀本部等;東區主要是行政院舊址、馬廄和東花園。一系列展館和史料陳列,則分布在這三個區域中。
今天,總統府正以諸多保存完好的近代中西建筑遺存,國內獨一無二且厚重的歷史文化氛圍,珍貴的文物和史料,風景優美的自然環境,以及近30000平方米的休閑服務區,熱情地歡迎來自全國和海內外的佳賓。